Berdasarkan Keputusan Menteri Agama Nomor 373 Tahun 2002 tentang Struktur Organisasi dan Tata Kerja Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi dan Kantor Kementerian Agama Kabupaten/Kota dengan Tipology I-C terdiri dari :
- Kepala Kantor Kemenag
- Sub. Bag. TU
- Seksi Bimas Islam
- Seksi Penyelenggaraan Haji dan Umrah
- Seksi Penmad
- Seksi PD Pontren
- Seksi PAIS
- Penyelenggara Zakat dan Wakaf
- Penyelenggaran Kristen
- Penyelenggaran Katolik
Satuan Kerja
Satuan kerja di lingkungan Kantor Kementerian Agama Kabupaten Pati hingga saat ini mencapai 8 Satuan Kerja dengan perincian sebagai berikut :
- Kantor Kementerian Agama Kabupaten Pati
- Madrasah Aliyah Negeri Pati
- Madrasah Aliyah Negeri Pati 2 di Tayu
- Madrasah Tsanawiyah Negeri 1 Pati
- Madrasah Tsanawiyah Negeri 2 Pati
- Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 Pati
- Madrasah Ibtidaiyah Negeri 1 Pati
- Madrasah Ibtidaiyah Negeri 2 Pati
